杨慕次他爸爸听了之后筷子有点拿不稳了惊了一下子，荣升在房间里面想起了自己已故的妻子筱蝶，荣华问了他知不知道荣初在医学院从事什么方面对呢研究。荣升说他好像是从事细菌病理学的研究，具体的自己也不清楚。李沁红接到了情报要去端掉一个共产党四组的地下情报站，她带着人要秘密的实行抓捕。
李沁红抓住了那对夫妇之后拿着他的妻子孩子威胁，给他一分钟的时间让他说出他上级的名字，但是那对夫妇拒捕最后双双自尽了。荣华晚上悄悄地去了荣初的房间里面翻了他的箱子但是没有发现什么有价值的线索，荣家的下人阿春好像也是一个特工，他也十分想从荣初的身上发现什么。
荣初晚上去找了她的干娘四姨太，四姨太哭着说自己不是他的干娘，而是他的亲姐姐，随后四姨太告诉了荣初一段往事。她说自己原来是南京国民政府财政司司长杨羽柏的女儿杨慕莲，她母亲叫徐玉珍是当时的名媛。她说自己原来有一对双胞胎的兄弟杨慕初和杨慕次，他就是大弟弟，本来一家人十分的和睦，但是直到有一天厄运来了。
她说他们的父亲有一个双胞胎的叔叔杨羽桦，他带着人杀了自己的父亲和母亲，然后又出现了一个和他们的母亲长得一摸一样的女人，他和自己的男朋友看到了事情的经过之后抱走了他们两个弟弟。随后他还说了很长的一段往事，还说自己一直是想不明白，为什么他们的亲叔叔会成为杀人凶手，也不知道那个如恶魔般女人的来历。荣初说自己一定会查清楚事实，然后找出真相。
杨慕次心理面心神不定的回了家吧，他问自己的父亲自己又看见自己母亲性格孤僻是为什么，为什么他老把自己往外面推。还说他感觉自己在家里面太不正常了，还问杨羽桦说自己的哥哥真的死了吗，杨羽桦听了之后说自己可以告诉他真相，但是真相只能说一次。随后杨羽桦给杨慕次说了另一个版本的往事。说了他哥哥杨慕初死了，还说了自己家里面的老宅子也被烧了，她母亲的不肯原谅自己的罪恶得了间歇性精神病。
杨慕次听了之后相信了，他说如果他的亲大哥还活着的话，杨羽桦打断了他的话说不可能，随后他拿出了杨慕初带的锁和衣服。杨慕次说自己今天看到了张和他长得一摸一样的脸，自己无法释怀，甚至有点隐隐的恐惧。杨羽桦听了之后说如果真是这样自己也想亲自去看看。
杨羽桦其实是被中田樱子所迫，也是逼不得已的，他拼命地求中田樱子才保住了杨慕次的性命给杨家留了一个后。共产国际派来的特使，在火车上跟杜旅宁相遇了，杜旅宁扮成了一个商人跟共产国际的特使在一起说话。杜旅宁带人准备刺杀他的时候被他察觉到了，他逃跑跳下了火车。
通天密令第3集剧情介绍荣初跟荣升在一起说着话，杜旅宁在共产国际特派员的行李里面也没有发现什么有价值的东西，但是杜旅宁老奸巨猾他分析出了逃跑的人不仅是个外科医生而且还是一名训练有素的特工，并且是个共产党肯定和雷霆计划有关西。荣初鼓足了勇气告诉荣升说自己现在内心的矛盾和痛苦。
荣升告诉荣初说要做一个善良的人放下不必要的包袱，他说自己看得出来荣初很痛苦，如果现实真的残酷倒他无法逃避的话那就只好远走高飞了。杜旅宁要调到上海担任侦缉处的处长，杨慕次是他得意的门生。杨慕次看了李沁红打死的那两个共产党。
杨慕次告诉李沁红说他失去了一个价值千金的消息，他破获了一个共产党的小型机关，但是也断了线索，现在唯一能补救的就是找两个有经验的手下扮演成夫妻守株待兔。荣府的一个丫鬟小红上吊死了，荣府的人都乱成了一团，但是荣初说小红是不会自杀的，因为昨天自己还跟她一起吃过饭，他说这肯定是谋杀。
警察局的韩副局长也去了荣家说是会仔细调查这件事情的，四姨太看到了小红的死也收到了很大的惊吓有点神志不清。荣华一直在侧面套着荣初的话，荣初说自己不知道什么是雷霆计划，他感觉荣华肯定参与了什么神秘的组织，而且对自己的试探也是想得到什么所谓的雷霆计划，随后他说自己不希望荣华吃什么事情，随后自己就走了。
李沁红跟杨慕次说回家到底有没有问了他爸爸是不是他还有什么双胞胎的哥哥或弟弟，要不然突然有个和他长得一摸一样的人也太不可思议了。荣升让荣初把一幅画拿去画廊让老板挂到最显眼的地方，让他一定要说服老板，并且实话实说。
荣初拿着那幅蝴蝶画去了画廊之后告诉老板这幅画背后一个感人的爱情故事，这时候杨慕次的女朋友也去了画廊听着荣初讲的故事被感动得泪流满面。老板也被荣初打动了答应了他把画放在画廊里面，杨慕次的女朋友跟荣初说话认出了他就是在火车站见过的，两个人正说话的时候外面发生了枪战。
荣初拉着她出来了之后还给她擦了擦脸上的灰看，杨慕次的女朋友有点生气，还说跟着荣升就是一个倒霉鬼，自己气呼呼走的时候还撞到了柱子上面，荣升乐得不行。中田樱子开始了在荣家杀人的行动威胁四姨太和荣初交出雷霆计划。
